Mutacja FOXL2 w guzowatych komórkach jajnika ad

W ten sposób poddaliśmy cztery GCT transkrypcji całego transkryptomu sparowanego końca RNA (zwanego także RNA-seq) (patrz Glosariusz). Metody
Pacjenci i próbki
Wybraliśmy 4 GK-y jajnika typu dorosłego (1 pierwotne i 3 nawracające guzy) uzyskane od pacjentów z indeksem, wraz z 10 rakiem jajnika i linią komórkową pochodzącą z surowiczego guza granicznego dostarczonego przez zamrożony bank nowotworu OvCaRe (OvCaRe). Pacjenci wyrazili pisemną świadomą zgodę na badania z wykorzystaniem tych próbek guza przed poddaniem się operacji, a formularz zgody potwierdził, że utrata poufności może nastąpić poprzez użycie próbek do badań. Uzyskano oddzielne zatwierdzenie od uczelnianej rady nadzorczej szpitala, aby umożliwić wykorzystanie tych próbek do eksperymentów sekwencjonowania RNA.
W celu sprawdzenia pierwotnego uzyskano 74 utrwalone w formalinie, zatopione w parafinie bloki zamrożonych próbek z dodatkowych domniemanych GCT wraz z 48 dobranymi próbkami prawidłowej tkanki. Uzyskaliśmy dwa dodatkowe bloki (GCT78 i GCT59), które były powtórzeniami próbek odpowiednio GCT29 i GCT76, które również genotypowaliśmy. Ponadto przeanalizowaliśmy próbki zamrożonych tkanek z 149 nabłonkowych guzów jajnika i 180 nowotworów piersi. Uzyskaliśmy kolejną serię utrwalonych w formalinie, zatopionych w parafinie, jajowodów, guzów zrostowo-podścieliska (SCST), z których niektóre opisano wcześniej16 (zob. Glosariusz). Ta druga seria składała się z 95 próbek nowotworów: 27 GCT typu dorosłego, 8 młodzieńczych GCT, 23 włókniaków, 14 guzów komórek Sertoli-Leydiga, 13 komórek oskrzeli i 10 nowotworów z komórek steroidowych. (Szczegóły dotyczące liczby i rodzajów GCT, które zostały dostarczone przez każdą instytucję, są wymienione w Tabeli w Dodatku Dodatkowym, dostępnym wraz z pełnym tekstem tego artykułu na stronie.)
Patologiczny przegląd
Wszystkie próbki nowotworów uwzględnione w tym badaniu były niezależnie przeglądane przez patologa ginekologicznego przed analizą mutacyjną. W przypadkach, w których diagnoza przeglądu różniła się od diagnozy źródłowej, próbki zostały dodatkowo przeanalizowane przez innego patologa ginekologa, który działał jako arbiter. Obaj patolodzy nie byli świadomi wyników badań genomicznych. Wykonano barwienie immunohistochemiczne dla kalretininy, antygenu błony nabłonkowej i inhibiny. (Aby uzyskać szczegółowe informacje, patrz sekcja Metody w dodatkowym dodatku.) Histologiczne obrazy wszystkich GCT zostały uzyskane przy użyciu cyfrowego systemu skanowania ScanScope XT (Aperio Technologies) i są dostępne na żądanie.
Konsekwencjonowanie i analiza RNA sparowanego końca
Szczegółowy opis sekwencjonowania RNA i późniejszej analizy danych znajduje się w sekcji Metody w dodatkowym dodatku. W skrócie, dwuniciowy komplementarny DNA (cDNA) zsyntetyzowano z poliadenylowanego RNA i pocięto. Frakcję o wielkości 190-210 bp wyizolowano i zamplifikowano za pomocą 10 cykli testu reakcji łańcuchowej polimerazy (PCR), zgodnie z protokołem z parami końcowymi dla Genome Analyzer II (GAII) (Illumina). Powstałe biblioteki sekwencjonowano następnie na GAII. Krótkie sekwencje DNA (odczyt) uzyskane z GAII zmapowano do referencyjnego ludzkiego genomu (National Center for Biotechnology Information build 36.1, hg18) i bazę danych znanych połączeń egzonów13 przy użyciu oprogramowania MAQ17 w trybie sparowanego końca
[przypisy: pokrowce antyroztoczowe, tusz do rzęs, oleje do włosów ]

Powiązane tematy z artykułem: oleje do włosów pokrowce antyroztoczowe tusz do rzęs