Mutacja FOXL2 w guzowatych komórkach jajnika czesc 4

FOXL2 402C . G Mutacja b. Panel A pokazuje odwzorowaną sekwencję odczytaną z jednego z czterech guzów komórek ziarnistych (GCT28) na chromosomie 3 dla pozycji genomowych 140147803 do 140147903. Komplementarna pozycja DNA (cDNA) dla FOXL2 402 jest zaznaczona na czerwono wraz z allelami G bez reszty. Panel B pokazuje logiki sekwencji19 reprezentujące rozkład alleli pozycji mutacji i otaczających nukleotydów. Miara 2 bitów reprezentuje pozycję homozygotyczną (patrz słowniczek). Wariant 402C . G jest wyraźnie widoczny w każdym logo. Panel C pokazuje referencyjne sekwencje cDNA i białka, przy czym zmutowane reszty są oznaczone czerwonymi ramkami. Analiza sekwencji RNA generuje krótkie odczyty, które odwzorowują sekwencję referencyjną. Figura 2 przedstawia typowe dane sekwencjonowania RNA dla części genu FOXL2 i pokazuje, jak nukleotydy dla eksprymowanych genów mogą być reprezentowane przez wielokrotne odczyty, w przeciwieństwie do przeciętnego odczytu generowanego przez standardowe sekwencjonowanie. Przewidywaliśmy identyfikację mutacji za pomocą SNVmix, modelu probabilistycznego, który jest używany do wnioskowania takiego wyniku na podstawie modelu dwumianowej mieszaniny (szczegóły w Dodatku uzupełniającym). Dwie domniemane mutacje punktowe, które były implikowane przez SNVmix i wstawienie pary zasad spełniają nasze kryteria dla kandydujących mutacji nowotworowych, ponieważ były obecne w trzech lub więcej GCT i nieobecne w bibliotekach sekwencji komparatora (tj. Biblioteki sekwencji wytworzone z guzów innych niż GCT , oprócz sekwencji w istniejących bankach danych). Wszystkie cztery GCT zawierały zmianę C . G w genie FOXL2 w pozycji 402 (pozycja genomowa 140147853 na chromosomie 3, Narodowe Centrum Informacji o Biotechnologii [NCBI] ludzki genom kompilacji 36,1), co do którego przewiduje się zastąpienie reszty tryptofanu dla wysoce konserwatywnej reszty cysteinowej w pozycji aminokwasowej 134 (Cl34W) (Figura 2). Dystans Granthama (patrz słowniczek) tej zmiany aminokwasu wynosił 215, najwyższą wartość obserwowaliśmy w 6410 nieokreślonych przewidywaniach wariantach wywodzących się z analizy wszystkich 15 nowotworów jajnika (tabela 1). Z mutacji 6410 tylko 15 miało dystans Granthama 215. Wszystkie przewidywane warianty z czterech indeksowych GCT są dostępne z Europejskiego Archiwum Genotypowania (numer dostępu, EGA00000000040).
Rysunek 3. Rysunek 3. Odkrycie i walidacja FOXL2 402C . G Mutacja bomby. Podsumowanie eksperymentalnego projektu i wyników pokazuje początkowy proces odkrycia mutacji dla próbek uzyskanych z czterech wskaźników GCT (panel A) oraz podstawowych i wtórnych procesów walidacji dla 74 innych GCT (panel B) i 95 SCST (panel C). Panel D przedstawia proces walidacji guzów jajnika innych niż GCT i innych nowotworów. Mutacja FOXL2 402C . G była ograniczona do SCST jajnika. Spośród tych nowotworów 86 z 89 GCT typu dorosłego (97%) i z 10 młodzieńczych GCT (10%) niosło mutację, w porównaniu z żadnym z 149 nabłonkowych guzów jajnika i 180 raków piersi. Analizy te wykazują wysoki stopień swoistości dla mutacji w SCST.
Używając dwóch dodatkowych niezależnych metod, sprawdziliśmy wersję FOXL2 402C . G w cDNA i gDNA czterech próbek indeksu i ustaliliśmy, że była somatyczna w dwóch próbkach od pacjentów, dla których dostępna była prawidłowa tkanka.
[hasła pokrewne: srebro lokacyjne, skręcenie stawu skokowego, obróbka strumieniowo ścierna ]

Powiązane tematy z artykułem: obróbka strumieniowo ścierna skręcenie stawu skokowego srebro lokacyjne