Powstanie nowego wirusa świńskiej grypy-A (H1N1) u ludzi cd

Dodatkowe przypadki zidentyfikowano przy użyciu znormalizowanej na poziomie krajowym definicji przypadku zakażenia wirusem grypy A (H1N1), które zostało zdefiniowane jako ostra choroba układu oddechowego z gorączką z obecnością S-OIV potwierdzonej przez RT-PCR w czasie rzeczywistym, wirusowe kultura, albo obie. Raport ten był zwolniony z wymogu przeglądu instytucjonalnego, a zasada prywatności Ustawy o Przenoszalności i Odpowiedzialności Ubezpieczenia Zdrowotnego nie miała zastosowania, ponieważ była to próba zdrowia publicznego.
Real-Time RT-PCR
CDC opracowało test RT-PCR w czasie rzeczywistym do wykrywania sezonowych serotypów wirusa grypy A, B, H1, H3 i ptasiego H5. Test ten został zatwierdzony przez Food and Drug Administration (FDA) i został rozpowszechniony w grudniu 2008 r. Za pośrednictwem laboratoriów US Public Health oraz globalnej sieci nadzoru nad grypą WHO. Primery i sondy swoiste dla podtypów A grypy świń (H1 i H3) zostały ostatnio opracowane i przetestowane pod kątem zastosowania w zmodyfikowanej wersji tego testu do wykrywania infekcji człowieka wirusami świńskiej grypy. Te wcześniej opracowane odczynniki pozwoliły CDC szybko zmodyfikować istniejący test pod kątem specyficznego wykrywania S-OIV. Szczegóły techniczne tego testu zostały opublikowane na stronie internetowej WHO Global Influenza na stronie www.who.int/csr/resources/publications/swineflu/CDCrealtimeRTPCRprotocol_20090428.pdf.
Sekwencjonowanie nukleotydów i analiza filogenetyczna
Łącznie 49 wirusowych izolatów z próbek pobranych od pacjentów z potwierdzoną infekcją S-OIV w 13 stanach w Stanach Zjednoczonych hodowano w hodowlach komórkowych MDCK. Amplicony do sekwencjonowania wytworzono przez odwrotną transkrypcję, a następnie amplifikację PCR w celu wytworzenia zachodzących na siebie dwuniciowych amplikonów DNA obejmujących każdy z ośmiu segmentów genomu wirusa grypy. Startery zaprojektowano tak, aby wiązały się w przybliżeniu co 200 do 250 nukleotydów wzdłuż genomu ze zdegenerowanymi zasadami, aby umożliwić zmianę sekwencji (szczegóły, patrz Dodatek dodatkowy, dostępny z pełnym tekstem tego artykułu na).
Reakcje sekwencjonowania przeprowadzono na standardowym wysokoprzepustowym systemie sekwencjonowania za pomocą BigDye Terminator, wersja 3.1 (Applied Biosystems) z mm3 matrycowego dwuniciowego DNA. Dane sekwencji zostały zebrane i ciągłe sekwencje zostały wygenerowane za pomocą pakietu oprogramowania Sequencher, wersja 4.7 (Gene Codes). Wszystkie dane dotyczące sekwencji, które zostały wykorzystane w tym badaniu, są dostępne w bazie GenBank (szczegółowe informacje znajdują się w Dodatkowym dodatku).
Analiza filogenetyczna
Drzewa filogenetyczne zostały wywnioskowane przy użyciu metody największej wiarygodności w pakiecie GARLI 0.96b7. Wszystkie analizy filogenetyczne wizualizowano w TreeView, wersja 1.6.6.
Wyniki
Pacjenci
Rysunek 1. Rycina 1. Krzywa epidemiologiczna potwierdzonych przypadków infekcji człowieka wirusem świńskiej grypy A (H1N1) ze znaną datą pojawienia się choroby w Stanach Zjednoczonych (28 marca – 5 maja 2009 r.). Dane dotyczące daty początku choroby były dostępne dla 394 pacjentów. Ta krzywa epidemiologiczna nie odzwierciedla wszystkich przypadków zakażenia S-OIV od 28 marca do 5 maja 2009 r., Ze względu na opóźnienie w zgłaszaniu przypadku i potwierdzenie w laboratorium.
Rysunek 2
[przypisy: dygestorium, Upadłość transgraniczna, wagi apteczne ]

Powiązane tematy z artykułem: dygestorium Upadłość transgraniczna wagi apteczne